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平行處理與計算生物研究室

實驗室名稱

平行處理與計算生物研究室

主持人

林俊淵 老師

網頁

介紹

本實驗室名稱為"平行處理與計算生物實驗室",其主要的研究領域為平行處理與生物資訊兩方面, 其主要的研究議題如下:

1.平行處理:

著重於開發生物資訊工具於平行與分散式處理的環境.過去我們已利用MPI、OpenMP技術開發若干生物資訊工具。有鑑於GPU( Graphics Processing Units )的龐大計算能力與研究風潮,本實驗室近年來極力從事CUDA的程式設計及工具開發工作,建立相關的硬體設備及從事人才培育工作.未來將是多核心計算的時代,從事多核心程式撰寫與開發工作將是不可或缺的資訊技能。

2.生物資訊:我們主要有三個研究方向,以下分別說明:

A、病毒研究:目前本實驗室正進行三年的國科會研究計畫,利用生物資訊工具於流感病毒及腸病毒方面的研究工作,探討病毒的活性與宿主間的關係。同時亦進行長庚醫院研究計畫於建立病毒與宿主間的交互作用網路。近年來病毒的威脅與日聚增, 對於病毒的研究將是一個重要的課題。

B、新定序技術相關工具的開發:有鑑於新定序技術如Solexa、454等技術不斷的提升,未來大量生物資料的處理將是一個難題,本實驗室已著眼於開發其相關的生物資訊工具及技術。

C、藥物設計:電腦輔助藥物設計近年來已日趨成熟,本實驗室目前進行長庚大學研究計畫於建立電腦輔助藥物設計平台, 並開發及利用相關工具及技術進行若干藥物篩選與新藥設計的工作,已有部份研究成果進行相關生物實驗。

本實驗室目前與清華大學、中華大學、 彰化師範大學等校的研究團隊及長庚大學內的若干研究中心皆有密切的合作,歡迎對以上研究議題有興趣的學生及研究團隊的加入。

 

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